NGS Nedir?
Next Generation Sequencing (NGS), masif paralel dizileme prensibiyle çalışan ve milyonlarca DNA parçasının aynı anda okunmasına olanak tanıyan modern bir dizileme teknolojisidir. Sanger dizilemesinin aksine çok sayıda bölge tek seansta okunabildiğinden hem hız hem maliyet hem de veri zenginliği açısından devrim niteliğindedir.
Üreme Tıbbında NGS Uygulamaları
PGT-A (Aneuploidi Taraması)
NGS günümüzde PGT-A'nın altın standart platformudur. Trofektoderm biyopsisinden alınan 4-8 hücrelik örnek ile:
- 24 kromozomun aneuploidisi saptanır
- Segmental anomaliler (küçük parçalı delesyon/duplikasyon) tespit edilebilir
- Mozaisizm seviyesi kantitatif olarak ölçülebilir (%20-80 arası)
PGT-M (Monogenik Hastalık)
Beta talasemi, kistik fibrozis, spinal müsküler atrofi, Duchenne, orak hücre gibi tek gen hastalıklarında NGS tabanlı targeted panel veya hedefli dizileme ile embriyo seçimi yapılır.
PGT-SR
Dengeli translokasyon taşıyıcılarında dengesiz embriyoların taranmasında NGS tercih edilir.
Sperm / Testis Dokusu Analizi
- Y-kromozom mikrodelesyon paneli
- Azoospermi genetik paneli (TEX11, NR5A1, DMRT1 vb.)
- Monogenik infertilite araştırması
Tekrarlayan Gebelik Kaybı
Abortus materyalinden POC (product of conception) NGS ile fetal kromozom analizi yapılabilir; uzun karyotipe göre başarı oranı çok daha yüksektir.
Klinik Dışı Genetik
- Taşıyıcılık paneli (ECS - Expanded Carrier Screening)
- Tüm ekzom dizileme (WES)
- Tüm genom dizileme (WGS)
- NIPT (cffDNA analizi)
Teknik İlkeler
- Kütüphane hazırlığı: DNA parçalanır, adaptörler eklenir.
- Amplifikasyon: Bridge PCR veya emülsiyon PCR ile klonal çoğaltma.
- Sequencing-by-synthesis: Her baz eklendikçe floresan sinyal okunur.
- Biyoinformatik analiz: Hizalama (alignment), varyant çağırma, yorumlama.
NGS Platformları
- Illumina MiSeq, NovaSeq (en yaygın)
- Ion Torrent
- MGI / BGI
- Oxford Nanopore (long-read)
- PacBio (long-read)
Mozaisizm Raporlaması
NGS'nin kantitatif doğası sayesinde blastokist biyopsisinde mozaisizm oranları gösterilebilir:
- < %20: Öploid kabul edilir
- %20-50: Düşük mozaisizm (bazen transfer edilebilir)
- %50-80: Yüksek mozaisizm (transfer tartışmalı)
- > %80: Anöploid kabul edilir
PGDIS 2019 rehberi, transferde önceliklendirmeyi tanımlar.
Sınırlılıklar
- Dengeli yapısal anomaliler (translokasyon/inversiyon) doğrudan görülmez.
- Triploidi bazı platformlarda gözden kaçabilir.
- Biyoinformatik yorumlama deneyim gerektirir.
- Maliyet klasik karyotipe göre yüksektir.
- Tekrar eden DNA bölgeleri (pseudogenler) yanlış pozitif riski taşır.
Gelecek
Tek hücre NGS, ctDNA analizi, endometrial mikrobiyom dizileme ve embriyo kültür medyasından non-invaziv PGT gibi uygulamalar NGS'nin üreme tıbbındaki rolünü genişletmektedir.